bioxm(基因序列分析軟件)

bioxm中文版是一款基于Windows的核酸序列分析開(kāi)發(fā)的一款基因序列分析軟件，由南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)生研究開(kāi)發(fā)的。功能還是非常多的，主要用于常規(guī)分析DNA序列資料，包括ORF查找、序列格式化、翻譯、限制酶酶切位點(diǎn)分析、引物輔助設(shè)計(jì)、兩個(gè)序列Blast比較等，另外還提供了序列格式文件的批量轉(zhuǎn)換工具，引物濃度計(jì)算工具，Tm計(jì)算，酶位點(diǎn)查詢工具，自動(dòng)去載體序列工具以及SCI影響因子查詢等等。收藏夾中還收錄了很多常用的基因或蛋白分析網(wǎng)址，包括了多序列比較和進(jìn)化樹(shù)分析，Bioxm中文版界面簡(jiǎn)潔，操作易上手，有需求的朋友可以下載。

中文版功能特色

1、酶切位點(diǎn)分析
輸入序列之后，依次打開(kāi)：序列分析>酶切位點(diǎn)分析，最后 點(diǎn)"開(kāi)始分析"
2、DNA 統(tǒng)計(jì)分析
除了分析A、G、C、T、N的組成之外，還可以分析GC%的變化趨勢(shì)。
3、序列比較
BioXM提供了兩個(gè)序列比較的BLAST本地工具：
依次打開(kāi)：序列分析>兩個(gè)序列BLAST聯(lián)配，依次選擇序列比較的類型，輸入序列后開(kāi)始比較

常見(jiàn)問(wèn)題

1、輸入DNA序列BioXM似乎不能正確識(shí)別？
答： 這是因?yàn)锽ioXM默認(rèn)打開(kāi)的是氨基酸序列，您可以在菜單中選擇“序列整理”命令。
2、序列窗口中的序列容易混淆，怎么辦？
答： 鼠標(biāo)雙擊序列窗口可以更改序列標(biāo)簽名，使您不會(huì)混淆各窗口。
3、每次輸入DNA序列總是保留其他非法序列怎么辦？
答： 您可以在選項(xiàng)中打開(kāi)強(qiáng)制識(shí)別序列為DNA，這樣就會(huì)祛除其他非法序列。但是如果您要打開(kāi)氨基酸序列，必須關(guān)閉此項(xiàng)目。
4、如何才能快速了解新版本BioXM的特色？
答： 打開(kāi)幫助>更新記錄>可以使您快速了解新版本BioXM的特色。
5、我想編輯序列，該如何做？
答： 如果您要編輯序列或更改序列顏色，可以關(guān)閉工具欄中的“是否允許序列自動(dòng)格式化”圖標(biāo)。
6、查找SSR時(shí)好象有所遺漏？
答： 其實(shí)這并不是BioXM的錯(cuò)誤，考慮到相近的SSR有可能是相同的（至少非常相似）,我們?cè)O(shè)置了兩個(gè)重疊SSR之間的距離，將其設(shè)置的小一些可能會(huì)出現(xiàn)更多的彼此靠近的SSR。
7、我運(yùn)行BioXM總是忘記了時(shí)間怎么辦？
答： 不要緊，您可以在選項(xiàng)中打開(kāi)“提醒打開(kāi)BioXM時(shí)間”選項(xiàng)卡，這樣每過(guò)1個(gè)小時(shí)，BioXM就會(huì)自動(dòng)提醒您。
8、窗口數(shù)目太少，怎么辦？
答： 在工具>選項(xiàng)>序列窗口>中可以更改窗口出現(xiàn)的數(shù)目和背景色。 

更新日志

v2.6版本
1、增加了2-4個(gè)序列窗口，序列分析更加方便
2、改進(jìn)了界面，增加了新的圖標(biāo)
3、選項(xiàng)中增加了“序列”窗口選項(xiàng)卡，允許設(shè)置窗口數(shù)目及背景顏色等
4、修改了Blast程序的界面，更專業(yè)
5、酶切位點(diǎn)的位置增加了簡(jiǎn)單的圖示
6、允許改變序列窗口的標(biāo)簽名
7、菜單中增加了“技巧和提示”
8、選項(xiàng)中增加菜單顯示方式：XP或2003式樣
9、選項(xiàng)中增加是否需要運(yùn)行BioXM時(shí)間提示
10、工具中加入SSR搜索程序(v1.00)，與其他程序相比，采用新的算法，對(duì)于超過(guò)100kb的序列搜索速度快
11、徹底改變文本框?qū)τ谛蛄虚L(zhǎng)度的限制
12、改進(jìn)了序列快速格式化的算法，對(duì)于長(zhǎng)序列速度顯著加快
13、序列分析中加入蛋白質(zhì)分子量和等電點(diǎn)計(jì)算